Оплата лікарняного листка по вагітності і пологам після прогулу

Шановні колеги. Звертаюся до Вас з проханням допомогти провести правильний розрахунок лікарняного листа виданого у зв’язку із вагітністю та пологами. Наша бухгалтерія не може прийняти рішення щодо оплати лікарняного. Склалася така ситуація: Наш співробітник перебувала у відпустці по догляду за дитиною до 3-х років. Повинна була приступити до роботи в червня 2016 року. Але на роботу не вийшла. Ми надіслали їй 3 листи з проханням з’явитися на роботу. Почали готувати документи на звільнення за прогул, направили матеріали до профспілки. Це все трохи затягнулося. На початку жовтня з’являється ця співробітниця і надає листок непрацездатності виданий у зв’язку із вагітністю та пологами відкритий з серпня по листопад 2016 року. Керівництво вирішило цю співробітницю не звільняти. За прогули їй винесено догану. Але встало питання чи повинні ми оплачувати цей листок непрацездатності (у зв’язку із прогулами майже 2 місяці), якщо оплачувати то яким чином (за останні 3 роки в неї жодного робочого дня)?